Основной сюжет Тысячи лет назад, в галактике правили Предтечи. Могучие и продвинутые, Предтечи были великолепной цивилизацией. К сожалению, эта раса разделилась на две фракции. Повелители страха желали поработить все разумные расы галактики, тогда как арноры верили в науку, мир и помощь молодым цивилизациям. Вкоре началась гражданская война по всей галактике. Повелители страха побеждали. Когда они уже были готовы прикончить своих врагов над последним миром арноров, все Предтечи исчезли.
С исчезновением Предтеч, десять молодых цивилизаций продолжали развиваться, но они могли путешествовать лишь через стационарные звёздные врата. Самая молодая из них, человечество, создала революционную технологию — гипердвигатель, не требующий врат. Теперь началась галактическая гонка по исследованию, колонизации и захвата галактики. Злая Дренгинская империя планирует уничтожить людей и других, но эти расы вскоре узнают что во вселенной существуют вещи намного хуже друг друга.
Расы
В игре присутствует 10 играемых рас, а также возможность создания своей расы. Цивилизации включают в себя расы из аддона первой игры: Земной альянс, Коллектив йор, Дренгинская империя, Алтарианская республика, Легион драт, Торианская конфедерация, Доминион корксов, и Арсеанская империя. Также были добавлены две новые расы: Иконское убежище и Таланская империя. Как и в первой игре, галактика заполнена малыми расами, чьё развитие было искусственно ограничено чтобы дать основным раса шанс.
У каждой расы свой ИИ, характер и преимущества. Например, корксы сосредотачиваются на деньгах, давая им экономический бонус. Земляне — отличные дипломаты, дренгины имеют хорошие корабли и солдатов, ториане быстро размножаются, а йоры — очень лояльны.
* Земной альянс — цивилизация людей, создателей гипердрайва; состоит из суверенных держав Земли (США, Еврофедерация, Океания, Япония, Китай и Российская Федерация); люди являются непревзойдёнными дипломатами; лидер — Алан Брэдли; родной мир — Земля.
* Коллектив йор — цивилизация разумных машин, запрограммированных Повелителями страха на ненависть к органической жизни; йоры всегда верны Коллективу; лидер — N-1; родной мир — Икония.
* Дренгинская империя — злобная, воинственная цивилизация, предпочитающая поедать представителей других рас (кроме йоров, естественно); дренгины являются отменными солдатами; лидер — лорд Кона; родной мир — Дренги.
* Алтарианская республика — религиозная раса, генетически идентичная людям; алтариане, несмотря на их религиозность, являются отличными учёными; лидер — Элейс Мю; родной мир — Алтария.
* Легион драт — раса кукольников, тайно заправляющая всем в галактике; драты имеют вездесущую агентурную сеть; лидер — Повелитель дратов; родной мир — Драта (раннее — Алтария).
* Торианская конфедерация — мирная, но изоляционная водная раса; восставшие рабы дренгинов; ториане имеют повышенную рождаемость; лидер — Тлас Кзиента; родной мир — Тория.
* Арсеанская империя — древняя, честая цивилизация воинов; первая раса совершившая контакт с человечеством; арсеане имеют очень развитую промышленность; лидер — лорд Вега; родной мир — Арсея.
* Доминион корксов — раса капиталистов; корксы имеют развитую экономику и торговлю; лидер — Кралакс Корксский; родной мир — Коркс.
* Иконское убежище — старейшая из молодых рас, изгнанная со своей планеты злобными йорами; их самое заветное желание — уничтожение йоров и возврат родной планеты; иконианцы имеют хорошую экономику и науку; лидер — Император Исо Мудрый; родной мир — Новая Икония (раннее — Икония).
* Таланская империя — загадочная насекомообразная цивилизация, цели которых неизвестны; талане довольно лояльны и имеют развитую промышленность; лидер — Гитезий; родной мир — Тала (колония, настоящий родной мир неизвестен).